正交设计优化山野豌豆SRAP-PCR反应体系与引物筛选

草业学报 ›› 2012, Vol. 21 ›› Issue (5): 325-330.

正交设计优化山野豌豆SRAP-PCR反应体系与引物筛选

刘颖¹,王显国²,张巨明^1*,刘芳³

1.华南农业大学农学院,广东广州 510642;
2.中国农业大学动物科技学院,北京 100193;
3.全国畜牧总站,北京 100193

收稿日期:2011-09-07 出版日期:2012-05-25 发布日期:2012-10-20
通讯作者: E-mail:jimmzh@scau.edu.cn
作者简介:刘颖(1987-),女,满族,吉林通化人,在读硕士。E-mail:105400288@qq.com
基金资助:
十二五国家科技支撑项目(2011BAD17B01-02)资助。

Optimization of SRAP-PCR system on Vicia amoena using orthogonal design and selection of primers

LIU Ying¹, WANG Xian-gou², ZHANG Ju-ming¹, LIU Fang³

1.College of Agriculture, South China Agriculture University, Guangzhou 510642, China;
2.College of Animal Science and Technology, China Agricultural University, Beijing 10093, China;
3.National Center for Animal Husbandry, Beijing 100193, China

Received:2011-09-07 Online:2012-05-25 Published:2012-10-20

摘要/Abstract

摘要： 采用正交试验设计,以山野豌豆叶片DNA为模板,从Mg²⁺、dNTP、引物和Taq DNA 聚合酶4种因素3个水平,对山野豌豆SRAP-PCR反应体系进行优化,并比较了不同浓度模板DNA对扩增效果的影响,建立了山野豌豆的SRAP-PCR最佳反应体系。结果表明,山野豌豆SRAP-PCR最佳反应体系为:2 μL 10×PCR buffer(不含Mg²⁺)、30 ng的模板DNA、引物2.0 μmol/L、Mg²⁺ 2.0 mmol/L、Taq DNA 聚合酶1.5 U、dNTP 0.2 mmol/L, 总体积为25 μL。各因素对扩增反应结果均有不同影响,其中以引物浓度影响最大,dNTP浓度的影响最小。运用该体系对3份山野豌豆种源进行验证,证明该体系稳定可靠,并从98对SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的20对引物组合。这一体系的建立及多态性引物组合的筛选为SRAP分子标记技术进行山野豌豆分子遗传学研究奠定了基础。

Abstract: An orthogonal design was used to optimize a SRAP-PCR system with 4 factors (Mg²⁺, dNTP, primer and Taq polymerase) at 3 levels plus the concentration of template DNA. The optimized SRAP-PCR system for Vicia amoena was: 2 μL 10×PCR buffer (Mg²⁺ free), 30 ng template DNA, Mg²⁺ 2.0 mmol/L, dNTP 0.2 mmol/L, primer 2.0 μmol/L, Taq DNA polymerase 1.5 U in a total of 25 μL reaction solution. Each factor had a different effect on the results of PCR. Primer concentration had the greatest effect and dNTP concentration had the least effect. The optimized SRAP-PCR system was tested on three V. amoena germplasm and was shown to be consistent and reliable. Twenty pairs of primer combinations with abundant polymorphisms were selected from 98 pairs of primer combinations. The optimized SRAP-PCR system and polymorphism primer combinations provide a basis for molecular genetic research on V. amoena.

中图分类号:

Q943

刘颖,王显国,张巨明,刘芳. 正交设计优化山野豌豆SRAP-PCR反应体系与引物筛选[J]. 草业学报, 2012, 21(5): 325-330.

LIU Ying, WANG Xian-gou, ZHANG Ju-ming, LIU Fang. Optimization of SRAP-PCR system on Vicia amoena using orthogonal design and selection of primers[J]. Acta Prataculturae Sinica, 2012, 21(5): 325-330.

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