全基因组水平蒺藜苜蓿反转录转座子IRAP分子标记开发及应用

doi:10.11686/cyxb2020481

草业学报 ›› 2022, Vol. 31 ›› Issue (1): 131-144.DOI: 10.11686/cyxb2020481

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全基因组水平蒺藜苜蓿反转录转座子IRAP分子标记开发及应用

尹晓凡(), 魏娜, 郑淑文, 刘文献()

兰州大学草地农业生态系统国家重点实验室，兰州大学农业农村部草牧业创新重点实验室，兰州大学草地农业教育部工程研究中心，兰州大学草地农业科技学院，甘肃兰州 730020

收稿日期:2020-10-27 修回日期:2020-12-28 出版日期:2021-12-01 发布日期:2021-12-01
通讯作者: 刘文献
作者简介:Corresponding author. E-mail： liuwx@lzu.edu.cn
尹晓凡（1995-），女，新疆乌鲁木齐人，硕士。E-mail： yinxf18@lzu.edu.cn
基金资助:
甘肃省自然科学基金(20JR10RA622);兰州大学中央高校基本科研业务费专项资金(lzujbky-2020-18)

Genome-wide development and utilization of LTR retrotransposon-based IRAP markers in Medicago truncatula

Xiao-fan YIN(), Na WEI, Shu-wen ZHENG, Wen-xian LIU()

State Key Laboratory of Grassland Argo-ecosystems，Key Laboratory of Grassland Livestock Industry Innovation，Ministry of Agriculture and Rural Affairs，Engineering Research Center of Grassland Industry，Ministry of Education，College of Pastoral Agriculture Science and Technology，Lanzhou University，Lanzhou 730020，China

Received:2020-10-27 Revised:2020-12-28 Online:2021-12-01 Published:2021-12-01
Contact: Wen-xian LIU

摘要/Abstract

摘要：

由于苜蓿品种间遗传差异日益缩小，通过传统形态学鉴定表型愈加困难。在苜蓿育种过程中，利用分子标记可大大提高育种效率和品种鉴定。反转录转座子长末端重复序列（LTR）广泛分布在植物基因组中，基于LTR的分子标记具有丰富的多态性和高信息量等优势，被广泛用于物种品种鉴定、评价种质资源多样性等方面。本研究在全基因组水平鉴定和设计了大量蒺藜苜蓿LTR反转录转座子扩增多态性（IRAP）标记，并利用其对国内外40个紫花苜蓿种质资源进行遗传多样性分析。结果表明，根据设计开发出的431个IRAP引物，并按照其染色体位置信息组合获得69对IRAP引物。利用筛选出的37对多态性引物组合共扩增出325个等位位点，平均每个标记可产生8.8个等位位点；多态性条带比率（PPB）为50%~100%，平均值为79.9%；多态性信息含量（PIC）的范围为0.34~0.88，平均值为0.69。基于遗传相似系数（GS）对供试品种采用算术平均值非加权组平均法（UPGMA）进行聚类分析，以0.82为阈值可将40份供试材料分为4类，其分组结果与不同材料地理分布信息以及STRUCTURE分析相对一致。本研究首次在蒺藜苜蓿全基因组水平上开发了IRAP分子标记并在紫花苜蓿种质资源中进行评价与应用，获得的大量IRAP分子标记可对后续苜蓿品种的鉴定保护以及遗传背景分析提供技术支撑。

关键词: 苜蓿, 反转录转座子, IRAP标记, 遗传多样性

Abstract:

Due to the narrowing of genetic differences between alfalfa （Medicago sativa） varieties， it is more difficult to identify phenotypes by traditional morphological methods. In the process of alfalfa breeding， molecular markers can greatly improve the breeding efficiency and variety identification. Reverse transcriptional transposon long terminal repeat sequence （LTR） are widely distributed in plant genomes. Molecular markers based on LTR are characterized by rich polymorphism and high information content， and are widely used in species identification and germplasm resource diversity evaluation. In this study， a large number of inter-retrotransposon amplified polymorphism （IRAP） markers were identified and designed at the genome-wide level in Medicago truncatula and used to analyze the genetic diversity of 40 alfalfa germplasm lines from within China and abroad. This approach produced 431 IRAP primers according to the design standards and the chromosomal location， from which 69 pairs of IRAP primers were obtained. A total of 325 alleles were amplified by 37 pairs of polymorphic primers； The average number of alleles was 8.8 per marker. Percentage of polymorphic bands （PPB） ranged from 50% to 100% with a mean of 79.9%. The polymorphic information content （PIC） ranged from 0.34 to 0.88， with an average of 0.69. Based on the genetic similarity coefficient （GS）， unweighted pair-group method with arithmetic means （UPGMA） was used for cluster analysis of the tested varieties. With 0.82 as the threshold， 40 samples of the tested germplasm lines could be divided into 4 categories. The grouping results were relatively consistent with geographic distribution information and STRUCTURE analysis of the 40 lines. In this study， IRAP molecular markers were developed at the whole genome level in M. truncatula for the first time and then evaluated and applied to investigate germplasm lines of alfalfa. A large number of the IRAP molecular markers obtained could provide technical support for the identification， protection and genetic background analysis of alfalfa varieties.

Key words: alfalfa, retrotransposon, IRAP marker, genetic diversity

尹晓凡, 魏娜, 郑淑文, 刘文献. 全基因组水平蒺藜苜蓿反转录转座子IRAP分子标记开发及应用[J]. 草业学报, 2022, 31(1): 131-144.

Xiao-fan YIN, Na WEI, Shu-wen ZHENG, Wen-xian LIU. Genome-wide development and utilization of LTR retrotransposon-based IRAP markers in Medicago truncatula[J]. Acta Prataculturae Sinica, 2022, 31(1): 131-144.

图/表 9

参考文献 38

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编号No.	标准品种Example varieties	种属Species	类型Type	来源Origins
1	中牧1号Zhongmu 1	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	中国China
2	中苜1号Zhongmu 1	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	中国China
3	中苜2号Zhongmu 2	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	中国China
4	中兰1号Zhonglan 1	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	中国China
5	甘农7号Gannong 7	杂花苜蓿M. sativa Martin	品种Cultivar	中国China
6	甘农2号Gannong 2	杂花苜蓿M. sativa Martin	品种Cultivar	中国China
7	甘农3号Gannong 3	杂花苜蓿M. sativa Martin	品种Cultivar	中国China
8	甘农4号Gannong 4	杂花苜蓿M. sativa Martin	品种Cultivar	中国China
9	无棣苜蓿Wudi	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	地方种Land race	中国China
10	新疆大叶Xinjiangdaye	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	地方种Land race	中国China
11	保定苜蓿Baoding	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	地方种Land race	中国China
12	东苜1号Dongmu 1	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	中国China
13	公农1号Gongnong 1	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	中国China
14	公农2号Gongnong 2	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	中国China
15	公农3号Gongnong 3	杂花苜蓿M. sativa Martin	品种Cultivar	中国China
16	龙牧808 Longmu 808	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	地方种Land race	中国China
17	天水苜蓿Tianshui	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	地方种Land race	中国China
18	新牧2号Xinmu 2	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	中国China
19	图牧1号Tumu 1	杂花苜蓿M. sativa Martin	品种Cultivar	中国China
20	陇东苜蓿Longdong	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	地方种Land race	中国China
21	Abi 700	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	美国United States
22	Arc	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	美国United States
23	Archer	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	美国United States
24	Boja	紫花苜蓿M. sativa notho. varia	品种Cultivar	波兰Poland
25	CUF 101	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	美国United States
26	Derby	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	英国United Kingdom
27	Europe	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	法国France
28	Hunter River	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	墨西哥Mexico
29	Hunterfield	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	奥地利Austria
30	IFMP 798	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	沙特阿拉伯Saudi Arabia
31	Aurora	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	危地马拉Guatemala
32	IFMP 799	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	沙特阿拉伯Saudi Arabia
33	Orca	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	法国France
34	Ranger	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	美国United States
35	Saranac AR	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	美国United States
36	Sutter	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	美国United States
37	Trifecta	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	奥地利Austria
38	Vernal	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	美国United States
39	WL168HQ	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	美国United States
40	WL343HQ	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	美国United States

编号No.	标准品种Example varieties	种属Species	类型Type	来源Origins
1	中牧1号Zhongmu 1	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	中国China
2	中苜1号Zhongmu 1	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	中国China
3	中苜2号Zhongmu 2	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	中国China
4	中兰1号Zhonglan 1	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	中国China
5	甘农7号Gannong 7	杂花苜蓿M. sativa Martin	品种Cultivar	中国China
6	甘农2号Gannong 2	杂花苜蓿M. sativa Martin	品种Cultivar	中国China
7	甘农3号Gannong 3	杂花苜蓿M. sativa Martin	品种Cultivar	中国China
8	甘农4号Gannong 4	杂花苜蓿M. sativa Martin	品种Cultivar	中国China
9	无棣苜蓿Wudi	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	地方种Land race	中国China
10	新疆大叶Xinjiangdaye	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	地方种Land race	中国China
11	保定苜蓿Baoding	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	地方种Land race	中国China
12	东苜1号Dongmu 1	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	中国China
13	公农1号Gongnong 1	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	中国China
14	公农2号Gongnong 2	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	中国China
15	公农3号Gongnong 3	杂花苜蓿M. sativa Martin	品种Cultivar	中国China
16	龙牧808 Longmu 808	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	地方种Land race	中国China
17	天水苜蓿Tianshui	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	地方种Land race	中国China
18	新牧2号Xinmu 2	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	中国China
19	图牧1号Tumu 1	杂花苜蓿M. sativa Martin	品种Cultivar	中国China
20	陇东苜蓿Longdong	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	地方种Land race	中国China
21	Abi 700	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	美国United States
22	Arc	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	美国United States
23	Archer	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	美国United States
24	Boja	紫花苜蓿M. sativa notho. varia	品种Cultivar	波兰Poland
25	CUF 101	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	美国United States
26	Derby	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	英国United Kingdom
27	Europe	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	法国France
28	Hunter River	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	墨西哥Mexico
29	Hunterfield	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	奥地利Austria
30	IFMP 798	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	沙特阿拉伯Saudi Arabia
31	Aurora	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	危地马拉Guatemala
32	IFMP 799	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	沙特阿拉伯Saudi Arabia
33	Orca	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	法国France
34	Ranger	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	美国United States
35	Saranac AR	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	美国United States
36	Sutter	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	美国United States
37	Trifecta	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	奥地利Austria
38	Vernal	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	美国United States
39	WL168HQ	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	美国United States
40	WL343HQ	紫花苜蓿M. sativa ssp. sativa	品种Cultivar	美国United States

引物名称 Primer name	正向引物 Forward primer （5'-3'）	反向引物 Reverse primer （5'-3'）	退火温度 Annealing temperature （℃）
C1~C1	GCACTATACTCACACACTCAC	TCCAGAGCATAATTGTTGAAGC	52
C2~G1	AGGCAAACACAGGGACTAAAATAG	GGGGCATTTTGGTCTTTTCC	53
C2~C1	TTCTCCGCTTGTGACATGG	CAACGTGGCACGATGGAG	53
C3~G1	TGAATGAGGGTGGCTGGTC	GTTTCAAGTGCCAAGGTAAAGG	54
C3~C1	AATAGCCTTACAAGCAAAACTGAG	CAACCGTCCATTCCTAAATTCG	53
C4~G1	TTGCTCCTTTGTAACTGCTCAG	TTGGCTCTGAATCCTTGTTACG	54
C4~C1	GCAAAGCTAACCCTAATTACAC	TTTGGCGGGAAAAGTTTGTTAC	51
C5~G1	TCATAATGGGCTTGGACCTTAC	AATCCCAATGCCTCCCAAAATC	53
C5~C1	AAGTTTGGTTAGGTTGCTTGAAG	ACATCAAGAGCCTTTGGTTTCG	54
C6~G1	TCACAATATGCCTGCCTCTC	TGCTTCCAACATCACCAAATAG	53
C6~C1	TGTTGAATGCGGATGACTGAAG	CCAATCCGCCAGCAGTTG	54
C7~G1	GCCACACCTTCTTCAACTTG	GAGAACAAGGTGAACAATTCCAAC	52
C7~C1	TCCTAAAGACTTGGTCAATCAG	TGTGAGTGAAGTGAGTGAAACC	51
C8~G1	TCTTGGGCTGGGCTCATC	CTCCACCGCATTCTTCTAAGC	54
C8~C1	TGGTGTTTCCTTCAGCGTTTC	ACTTCGTTACTTGGTTAGTTAC	50
C1~G2	GCACTTGAACCATCACACATAG	GGTGCTTTCATTGCTCCTATTC	53
C1~C2	CTTGATTTCTTGTCTCCTATCG	AGGTGGAATTGTGACTAACTTG	50
C2~G2	TTCCCAGTCAAATCCTCAGATG	GGAACCGTTGTACCGTTATGG	53
C2~C2	GGAAAGTAGAAAGGCAAATACG	TCTGTGAGATGAATGCTGAAAC	51
C3~G2	CCTGAATGTTGAATGTGCCTTC	TTGGTGCTCTCGTTGTCATAAC	54
C3~C2	CTAGTGGTGAGTGGCAACTG	AAGCAGCAACCTTTGACATTC	53
C4~G2	CCAGGGAGCCAACAGAGG	GGCTGATAACACTCGTATGAAG	52
C4~C2	ACGACTGAATGAAATGTGAAAC	AACACCGCAATCCAATACCTAAG	51
C5~C2	CCTACAACGTGGAATGACTTAG	AGTGTGAGAGAAACAGTGAGTG	52
C6~G2	ATCATTCATAGAGACGCAGCTC	CCATCAAACCCATCAACCAAAG	54
C6~C2	CAGCACTGCCACTTCTTG	CAACTCCAACAACGGCTCTC	51
C7~G2	TATTTGTGATGGATGGCTACTC	GTAATGAGATTGGTGATGAGTC	50
C7~C2	CACACGTTGCCAATACTTCAG	CAGAGCTATCATCTCACAGGAC	53
C8~G2	TCCACCAGTAGGCATCTTCATC	ATGTGGTGACTCCCCTAGTTC	54
C8~C2	TGCCTTGTCAATACATAGAACC	TGGCAACGTCAAATTCAAATTC	52
C1~G3	CCTAACGGCATACTACAGATGG	GTGCTCTCGTGTTCTGTAACTC	54
C1~C3	TCACCACATACTGCTTACTTTC	GGCTTCCACAAACAACCCTTC	52
C2~G3	AAGCAGAAGGGGTGAGATTTC	CGGTCAATTAGAGAGTCGTGTC	53
C3~G3	TATGGCGGCGATATAATAATGC	CGATCCAAGGAACAACTGAGTC	52
C3~C3	TTCAGTACTTGGCATATATATAGC	AGTGGTATCAGGAGTCCTTAGG	50
C4~G3	TGGAGCAGTTCTCTTCCTTTTC	GCTTTCATCTTCACTCACCATG	53
C4~C3	ACCCTAACTCACGGCATCC	GGGCAACGGTAGTGATTTGG	54
C5~C3	AGCATATCAGAGAGTTCCTAAC	TGTGAGTGAAGTGAGTGAAACC	50
C6~G3	GCTTCTTCGATTCCTGCTGAG	CGCCCAGTGGAACCTTTTG	54
C6~C3	ACCGTGCTCACCAAATCG	TGGGGCAGAGGGTTAAAGG	53
C7~G3	ATCCAAGATGCCTACTCTCAAC	CGTTGGAGAATCAGTGAATGC	53
C7~C3	TGCATCAAATCGTTCTTCATAC	GTGGGGCAAGGGTCAAAG	51
C8~G3	GATTGATGACAGGAAGGTGAAG	ACACCCCGTTACCCAAAAG	52
C8~C3	TACTGCCTGACTATTTTCATTC	AAACACAAACCTGCTGCAATTC	50
C1~G4	TCCACAACCACACCCAATAAC	AATCGCAACTTTGGAGGTTTC	53
C1~C4	TTGTCGTGTACGGTATATTGGG	AGTGGTATCAGAGCGGTCTTC	54
C2~G4	CTCCCAAACCAAACCCAAAC	GGTCCAAACACTCTCACAAATG	53
C3~G4	AGCATAAGGACATTAGCCACTC	CTTCCCAATGCCTCCCAAAC	54
C3~C4	CCACTAGCAGCCTAACTAACC	TATCAGAGCCTCACCACGAG	53
C4~G4	TAGCGGTGACTTCTCCCATC	TTGGTGCTTTCATTGCCTCTAC	54
C5~C4	AATCTTCTCCGCCTTCTTCTG	GAACCACCGTCCGCTGAC	53
C6~G4	CGTCCTTTACTGATGCTGATGG	ACTTGGTGCTTTCATTTCCTTC	53
C7~G4	CCTATTACAGACTTGGGCCATG	ACTCCATGCCTCCCAAACC	54
C8~G4	AAACTGACATAAGGCCCAATAC	ATGCCTCCTAAACCTACAAACC	52
C1~G5	TCGCTGTTCCTGAAGTAGAAG	AATGGGGCGTAGCTTTGTG	53
C1~C5	ACAGCAGGACAGCATAGTAG	AACCCTTGCTTTCTTGACACC	52
C2~G5	TTCACCCCTTTTGTCCTTTTCC	AAGATGGGTGACCGTTTAGATG	54
C3~G5	AGGAAGGCTCTACATTACAAAC	TTGGTATCAGAGCTGGTTACG	51
C4~G5	AAGGCTCTCCATTACAAACTAG	GTTACGATACCACGGAGTTGAG	51
C6~G5	TTGCTCCTTCTTGTGGTACTTC	AACCCAAACACCGACACTTG	54
C1~C6	TGGTGGGATTGTTTGGAAGTAC	TGCTTAGGACTGCTGATGTG	53
C2~G6	TCTGGGCTTTATTTGGTGGATC	GGTGCTTTCATTGCCATCCTG	54
C3~G6	GCCACGTCATGCTTCTTTC	GTAGATGCCACCAAAGCCTAAG	52
C4~G6	GACAACACTGCTAAGACAACAC	GCCAAGTAGTAGAGTCGTGTTG	54
C6~G6	ACCCTAAGGATGAAAGAAAACG	ACCATGATGCCACGAAACC	52
C2~G7	GCCTGGACTTGTTTCTCTTAGC	ACTCACAACGATGCCTTACAAG	55
C3~G7	CATCGTTTCTTCCAGCCATTTC	AATTATTGGATACACGACTACG	50
C6~G7	TGGAGGCGGATAGGGTTTC	AGGAGGATATTGGACACTATGG	52
C3~G8	AACAAGCCAGTACAATGAACAG	GGAATTGACCACCGAGTTACG	53

引物名称 Primer name	正向引物 Forward primer （5'-3'）	反向引物 Reverse primer （5'-3'）	退火温度 Annealing temperature （℃）
C1~C1	GCACTATACTCACACACTCAC	TCCAGAGCATAATTGTTGAAGC	52
C2~G1	AGGCAAACACAGGGACTAAAATAG	GGGGCATTTTGGTCTTTTCC	53
C2~C1	TTCTCCGCTTGTGACATGG	CAACGTGGCACGATGGAG	53
C3~G1	TGAATGAGGGTGGCTGGTC	GTTTCAAGTGCCAAGGTAAAGG	54
C3~C1	AATAGCCTTACAAGCAAAACTGAG	CAACCGTCCATTCCTAAATTCG	53
C4~G1	TTGCTCCTTTGTAACTGCTCAG	TTGGCTCTGAATCCTTGTTACG	54
C4~C1	GCAAAGCTAACCCTAATTACAC	TTTGGCGGGAAAAGTTTGTTAC	51
C5~G1	TCATAATGGGCTTGGACCTTAC	AATCCCAATGCCTCCCAAAATC	53
C5~C1	AAGTTTGGTTAGGTTGCTTGAAG	ACATCAAGAGCCTTTGGTTTCG	54
C6~G1	TCACAATATGCCTGCCTCTC	TGCTTCCAACATCACCAAATAG	53
C6~C1	TGTTGAATGCGGATGACTGAAG	CCAATCCGCCAGCAGTTG	54
C7~G1	GCCACACCTTCTTCAACTTG	GAGAACAAGGTGAACAATTCCAAC	52
C7~C1	TCCTAAAGACTTGGTCAATCAG	TGTGAGTGAAGTGAGTGAAACC	51
C8~G1	TCTTGGGCTGGGCTCATC	CTCCACCGCATTCTTCTAAGC	54
C8~C1	TGGTGTTTCCTTCAGCGTTTC	ACTTCGTTACTTGGTTAGTTAC	50
C1~G2	GCACTTGAACCATCACACATAG	GGTGCTTTCATTGCTCCTATTC	53
C1~C2	CTTGATTTCTTGTCTCCTATCG	AGGTGGAATTGTGACTAACTTG	50
C2~G2	TTCCCAGTCAAATCCTCAGATG	GGAACCGTTGTACCGTTATGG	53
C2~C2	GGAAAGTAGAAAGGCAAATACG	TCTGTGAGATGAATGCTGAAAC	51
C3~G2	CCTGAATGTTGAATGTGCCTTC	TTGGTGCTCTCGTTGTCATAAC	54
C3~C2	CTAGTGGTGAGTGGCAACTG	AAGCAGCAACCTTTGACATTC	53
C4~G2	CCAGGGAGCCAACAGAGG	GGCTGATAACACTCGTATGAAG	52
C4~C2	ACGACTGAATGAAATGTGAAAC	AACACCGCAATCCAATACCTAAG	51
C5~C2	CCTACAACGTGGAATGACTTAG	AGTGTGAGAGAAACAGTGAGTG	52
C6~G2	ATCATTCATAGAGACGCAGCTC	CCATCAAACCCATCAACCAAAG	54
C6~C2	CAGCACTGCCACTTCTTG	CAACTCCAACAACGGCTCTC	51
C7~G2	TATTTGTGATGGATGGCTACTC	GTAATGAGATTGGTGATGAGTC	50
C7~C2	CACACGTTGCCAATACTTCAG	CAGAGCTATCATCTCACAGGAC	53
C8~G2	TCCACCAGTAGGCATCTTCATC	ATGTGGTGACTCCCCTAGTTC	54
C8~C2	TGCCTTGTCAATACATAGAACC	TGGCAACGTCAAATTCAAATTC	52
C1~G3	CCTAACGGCATACTACAGATGG	GTGCTCTCGTGTTCTGTAACTC	54
C1~C3	TCACCACATACTGCTTACTTTC	GGCTTCCACAAACAACCCTTC	52
C2~G3	AAGCAGAAGGGGTGAGATTTC	CGGTCAATTAGAGAGTCGTGTC	53
C3~G3	TATGGCGGCGATATAATAATGC	CGATCCAAGGAACAACTGAGTC	52
C3~C3	TTCAGTACTTGGCATATATATAGC	AGTGGTATCAGGAGTCCTTAGG	50
C4~G3	TGGAGCAGTTCTCTTCCTTTTC	GCTTTCATCTTCACTCACCATG	53
C4~C3	ACCCTAACTCACGGCATCC	GGGCAACGGTAGTGATTTGG	54
C5~C3	AGCATATCAGAGAGTTCCTAAC	TGTGAGTGAAGTGAGTGAAACC	50
C6~G3	GCTTCTTCGATTCCTGCTGAG	CGCCCAGTGGAACCTTTTG	54
C6~C3	ACCGTGCTCACCAAATCG	TGGGGCAGAGGGTTAAAGG	53
C7~G3	ATCCAAGATGCCTACTCTCAAC	CGTTGGAGAATCAGTGAATGC	53
C7~C3	TGCATCAAATCGTTCTTCATAC	GTGGGGCAAGGGTCAAAG	51
C8~G3	GATTGATGACAGGAAGGTGAAG	ACACCCCGTTACCCAAAAG	52
C8~C3	TACTGCCTGACTATTTTCATTC	AAACACAAACCTGCTGCAATTC	50
C1~G4	TCCACAACCACACCCAATAAC	AATCGCAACTTTGGAGGTTTC	53
C1~C4	TTGTCGTGTACGGTATATTGGG	AGTGGTATCAGAGCGGTCTTC	54
C2~G4	CTCCCAAACCAAACCCAAAC	GGTCCAAACACTCTCACAAATG	53
C3~G4	AGCATAAGGACATTAGCCACTC	CTTCCCAATGCCTCCCAAAC	54
C3~C4	CCACTAGCAGCCTAACTAACC	TATCAGAGCCTCACCACGAG	53
C4~G4	TAGCGGTGACTTCTCCCATC	TTGGTGCTTTCATTGCCTCTAC	54
C5~C4	AATCTTCTCCGCCTTCTTCTG	GAACCACCGTCCGCTGAC	53
C6~G4	CGTCCTTTACTGATGCTGATGG	ACTTGGTGCTTTCATTTCCTTC	53
C7~G4	CCTATTACAGACTTGGGCCATG	ACTCCATGCCTCCCAAACC	54
C8~G4	AAACTGACATAAGGCCCAATAC	ATGCCTCCTAAACCTACAAACC	52
C1~G5	TCGCTGTTCCTGAAGTAGAAG	AATGGGGCGTAGCTTTGTG	53
C1~C5	ACAGCAGGACAGCATAGTAG	AACCCTTGCTTTCTTGACACC	52
C2~G5	TTCACCCCTTTTGTCCTTTTCC	AAGATGGGTGACCGTTTAGATG	54
C3~G5	AGGAAGGCTCTACATTACAAAC	TTGGTATCAGAGCTGGTTACG	51
C4~G5	AAGGCTCTCCATTACAAACTAG	GTTACGATACCACGGAGTTGAG	51
C6~G5	TTGCTCCTTCTTGTGGTACTTC	AACCCAAACACCGACACTTG	54
C1~C6	TGGTGGGATTGTTTGGAAGTAC	TGCTTAGGACTGCTGATGTG	53
C2~G6	TCTGGGCTTTATTTGGTGGATC	GGTGCTTTCATTGCCATCCTG	54
C3~G6	GCCACGTCATGCTTCTTTC	GTAGATGCCACCAAAGCCTAAG	52
C4~G6	GACAACACTGCTAAGACAACAC	GCCAAGTAGTAGAGTCGTGTTG	54
C6~G6	ACCCTAAGGATGAAAGAAAACG	ACCATGATGCCACGAAACC	52
C2~G7	GCCTGGACTTGTTTCTCTTAGC	ACTCACAACGATGCCTTACAAG	55
C3~G7	CATCGTTTCTTCCAGCCATTTC	AATTATTGGATACACGACTACG	50
C6~G7	TGGAGGCGGATAGGGTTTC	AGGAGGATATTGGACACTATGG	52
C3~G8	AACAAGCCAGTACAATGAACAG	GGAATTGACCACCGAGTTACG	53

检索项目Search items	Gypsy家族Gypsy family	Copia家族Copia family	未知Unknown
已识别的LTR总数Total number of identified LTRs （No.）	105	96	230
检索序列的总长度Total length of sequences searched （bp）	265~14644	113~10167	113~10330
检索序列的平均总长度Average total length of the search sequence （bp）	2837.1	2305.5	2623.5
配对评分的平均值Average of pair rating （%）	78.7	74.4	75.2
LTR总数的百分比Percentage of total LTRs （%）	24.40	22.30	53.40

全基因组水平蒺藜苜蓿反转录转座子IRAP分子标记开发及应用

Genome-wide development and utilization of LTR retrotransposon-based IRAP markers in Medicago truncatula

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使用本文

图/表 9

参考文献 38

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Metrics

引物组合 Primer combination	总条带数 TB （No.）	多态性条带 PB （No.）	多态性条带比率 PPB （%）	预期杂合度 He	多态性信息含量 PIC
C1~C2	10	7	70.0	0.82	0.79
C1~G2	12	7	58.3	0.87	0.86
C2~C1	17	16	94.1	0.83	0.81
C2~C2	12	11	91.7	0.84	0.82
C2~G1	4	3	75.0	0.56	0.49
C2~G2	6	4	66.7	0.68	0.62
C3~C2	10	9	90.0	0.72	0.68
C3~G2	5	4	80.0	0.71	0.66
C4~G1	6	5	83.3	0.76	0.72
C5~C1	6	5	83.3	0.61	0.57
C5~G1	13	12	92.3	0.89	0.88
C6~C1	13	11	84.6	0.82	0.80
C7~G1	5	4	80.0	0.55	0.45
C8~G1	5	4	80.0	0.73	0.68
C8~C1	3	2	66.7	0.39	0.34
C4~G2	11	9	81.8	0.80	0.77
C4~C2	7	5	71.4	0.69	0.64
C5~C2	7	5	71.4	0.80	0.77
C6~G2	10	7	70.0	0.82	0.79
C6~C2	15	12	80.0	0.83	0.81
C7~C2	16	15	93.8	0.89	0.88
C8~G2	8	8	100.0	0.74	0.69
C8~C2	3	2	66.7	0.48	0.39
C1~G3	17	16	94.1	0.87	0.86
C1~C3	9	8	88.9	0.85	0.83
C3~G3	11	9	81.8	0.86	0.84
C6~C3	6	4	66.7	0.71	0.66
C7~G3	7	4	57.1	0.75	0.71
C2~G4	6	5	83.3	0.47	0.43
C3~G4	4	2	50.0	0.62	0.54
C6~G4	4	3	75.0	0.67	0.60
C7~G4	9	7	77.8	0.84	0.82
C8~G4	7	5	71.4	0.71	0.65
C2~G5	13	11	84.6	0.85	0.83
C4~G5	15	14	93.3	0.85	0.83
C5~C4	9	9	100.0	0.53	0.51
C1~G5	4	4	100.0	0.69	0.63
总数Total	325	268	82.5	-	-
平均值Average	8.8	7.2	79.9	0.73	0.69

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[12]	谢展, 穆麟, 张志飞, 陈桂华, 刘洋, 高帅, 魏仲珊. 乳酸菌或有机酸盐与尿素复配添加对紫花苜蓿混合青贮的影响[J]. 草业学报, 2021, 30(5): 165-173.
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